Laboratorio de Bioinformática Dr. Arturo Melo

INDICASAT AIP, Panamá

English | Español

Patogenómica de especies de Leptospira pertenecientes al serovar Hardjo

La leptospirosis es una enfermedad zoonótica de gran impacto en salud animal y humana a nivel mundial. Esta es causada por especies patogénicas de Leptospira, un género de bacterias Gram-negativas del grupo de las espiroquetas. Las leptospiras han sido clasificadas en más de 250 serovars, agrupados en 24 serogrupos relacionados antigénicamente. Esta clasificación se basa en antisueros específicos para cada serovar, los cuales reaccionan principalmente con componentes del lipopolisacárido de superficie (LPS). Ciertos determinantes de serovar, tales como el antígeno O del LPS, parecen estar involucrados en la selección de huésped/reservorio. Por ejemplo, el serovar Lai usa al ratón como reservorio, mientras que el serovar Copenhageni usa a las ratas y el serovar Hardjo usa al ganado vacuno. Sin embargo, la correlación entre la clasificación serológica y taxonómica es pobre, dado que miembros de un mismo serovar pueden pertenecer a diferentes especies. Este es el caso del serovar Hardjo, cuya reacción antigénica se ha observado en cepas de L. interrogans y L. borgpetersenii.

Este es proyecto desarrollado en colaboración con la Dra. Sree Rajeev de Ross University School of Veterinary Medicine (St. Kitts), orientado a estudiar características genómicas específicas de especies de Leptospira pertenecientes al serovar Hardjo. La plataforma MiSeq se ha usado para secuenciar los genomas de una cepa de laboratorio de L. interrogans serovar Hardjo y cinco muestras de L. borgpetersenii serovar Hardjo, dos cepas de laboratorio y tres aislados de campo. El ensamblaje y análisis de los genomas se ha llevado a cabo en INDICASAT con la colaboración de Pablo Riesgo Ferreiro de Guanábana Biodata Analytics Inc.

Presentaciones y publicaciones

Recursos

El genoma de la cepa de laboratorio de L. interrogans serovar Hardjo (cepa Hardjoprajitno) ha sido depositado en Genbank bajo el BioProject PRJNA296687. Los fragmentos crudos de MiSeq han sido depositados en NCBI SRA con el código de accesso SRX1830060. Las secuencias también pueden descargarse usando los siguientes enlaces:

Los genomas de las cinco muestras de L. borgpetersenii serovar Hardjo también han sido depositados en Genbank. La información de acceso se resume en la siguiente tabla:

Muestra Tipo BioProject Cromosoma I Cromosoma II
LBH-A (tipo A) Cepa de laboratorio PRJNA296689 CP015050 CP015051
LBH-B (tipo B) Cepa de laboratorio PRJNA296694 CP015052 CP015053
BK-6 (tipo A) Aislado de campo PRJNA296675 CP015044 CP015045
BK-9 (tipo A) Aislado de campo PRJNA296677 CP015046 CP015047
BK-30 (tipo A) Aislado de campo PRJNA296679 CP015048 CP015049